Игра начинается с финала предыдущего эпизода, когда Сэм отправился на Сириус на космическом корабле. К сожалению, корабль Сэма получил повреждения от «деревянного вагончика Croteam», и упал на Землю. Сэм приземлился в Центральной Америке, в век цивилизации Майя. Однако, не все потеряно: сириане оставили на Земле запасной корабль. Так как корабль находится в будущем, Сэму нужно найти Сирийские Временные Порталы, которые помогут ему достигнуть цели. С этой целью Сэм исследует Мезомерику, Месопотамию, и, наконец, центральную Европу, где хранится корабль. По пути Сэм побеждает двух стражей Временных Порталов Ментала: Бога Ветра Кукулкана и биомеханическое существо Личинку Экзотех. Наконец, перед Собором Святой Крови, Сэм сражается с Мордехаем, последним препятствием перед Святым Граалем. В Соборе Сэм находит Святой Грааль, а затем признается в грехах Менталу в кабинке для исповедей, успокаивая его, что «придёт за ним».